Sau vài năm xa cách, witcher Geralt of Rivia, lúc này đã hồi phục trí nhớ, bất ngờ nhận được một bức thư từ người tình cũ, cô phù thủy Yennefer of Vengerberg. Anh lập tức lên đường tìm cô và khi hai người hội ngộ, Yennefer dẫn Geralt về Vizima, kinh thành của Vương Quốc Temeria đang bị Hoàng Đế Emhyr var Emreis của Đế Chế Nilfgaard chiếm giữ. Tại đây anh diện kiến Emhyr và được ông ta báo rằng đã có tin tức Ciri xuất hiện (Ciri hay Cirilla là con gái nuôi của Grealt và Yennefer và là người con gái thất lạc từ nhỏ của Emhyr) và hiện tại đang trong tình trang rất nguy hiểm khi bị thế lực Wild Hunt đuổi theo (Wild Hunt là một quân đội người Elf dưới sự chỉ huy của Eredin đến từ thế giới khác, với tham vọng chiếm đoạt được sức mạnh thừ hưởng từ Elder Blood trong người Ciri). Theo như tin tình báo của Emhyr gửi về thì Ciri có thể đã xuất hiện ở Velen (một tỉnh thuộc Temeria bị tàn phá nặng nề bởi triến tranh) và Novigrad (Thành phố tự do và cũng là thành phố lớn nhất Phương Bắc). Đồng thời Yen cũng phát hiện ra những dấu tích cho thấy Ciri có thể đang ở Skellige. Geralt ngay lập tức lên đường đến Velen trong khi Yen cũng xuất phát đến Skellige để tìm manh mối về Ciri.

Khi đến Velen, Geralt tìm đến gặp gián điệp của Emhyr nhưng Wild Hunt đã nhanh hơn anh một bước, giết chết người gián điệp đó. May mắn thay, Geralt đã tìm được những tài liệu quan trọng mà người này để lại. Qua đó anh biết được Ciri đã từng trú chân tại lãnh thổ của một người Nam Tước địa phương tự phong có biệt hiệu Bloody Baron (Nam Tước Khát Máu) và có dính dáng đến Ladies of the Wood (Các Quý Cô Rừng Núi, thực tế là ba thực thể cổ đại vô cùng nguy hiểm có tên là The Crones muốn ăn thịt Ciri). Nhờ sự giứp đỡ từ người bạn cũ là phù thủy Keira Metz cũng như những thông tin có được từ Bloody Baron, Geralt biết được Ciri đã từng đồng hành với một pháp sư người elf bí ẩn. Đồng thời xác định được Ciri đã rời Velen để đến Novigrad.

Đến Novigrad, anh đoán Ciri chắc chắn sẽ cố liên lạc với anh hoặc Yen, hoặc là những người bạn cũ của cô. Anh đã tìm đến phù thủy Triss Merigold (người tình của anh sau khi anh mất trí nhớ), tuy nhiên cô không hề nhận được liên lạc từ Ciri. Triss chỉ cho anh đến gặp một cô đồng, qua đó, Geralt biết được Ciri đã tìm gặp Dandelion và Dudu (hai người bạn cũ) và có dính dáng đến một tên đại ca trong thế giới ngầm của thành phố này có biệt hiệu là Whoreson Junior (Thằng Khốn Con). Nhờ sự giúp đỡ của Sigismund Djikstra và Vernon Roche, Geralt đã lần ra được hang ổ của Whoreson Junior và có thêm thông tin của Ciri. Đồng thời với sự trợ giúp từ Triss, Priscilla, Zoltan Chivay và Dudu anh đã giải cứu được Dandelion hiện đang bị bắt giữ. Qua lời kể của Dandelion, do anh giới thiệu, Ciri tìm đến Whoreson Junior với hi vọng với quan hệ rộng khắp của hắn có thể giúp cô giải được một lời nguyền nào đó. Tuy nhiên mọi chuyện vuột khỏi tầm tay khi Whoreson Junior trở mặt với Ciri. Cô và Dandelion bị truy sát bởi đám lính, sau khi bọc lót để Dandelion chạy trốn an toàn, Ciri đã sử dụng phép thuật dịch chuyển tức thời đi chỗ khác. Tuy nhiên cảm thấy lo lắng cho sự an nguy của Ciri, Dandelion đã quay trở lại và bị bắt.

Việc Ciri biến mất đột ngột ở Novigrad khiến các manh mối tại đây đi vào ngõ cụt, Geralt quyết định đến Skellige hội ngộ cùng Yennefer. Anh cùng Yen truy vết ra trước đó Ciri và pháp sư bí ẩn người elf đã bị Wild Hunt truy đuổi đến Skellige, tuy nhiên người pháp sư đó đã mở được cánh cổng giúp Ciri chạy trốn đến Velen. Sau đó, Geralt và Yen tìm đến một ngôi làng từng bị Wild Hunt tấn công và tìm ra được tung tích một gia đình từng giúp đỡ Ciri ở đây. Qua đó họ biết được rằng sau khi rời Novigrad, Ciri đã quay lại Skellige lần thứ hai hội ngộ với pháp sư elf và họ tiếp tục bị Wild Hunt truy đuổi ở đây. Ciri có thể đã chạy trốn được, hoặc đã bị dính lời nguyền rất mạnh từ Wild Hunt và biến thành một sinh vật xấu xí. Geralt chợt nhớ ra anh đã từng gặp sinh vật này trong nhà của Bloody Baron, tên nó là Uma. Geralt hẹn gặp Yen ở Kaer Morhen (pháo đài nơi Geralt được đào tạo từ nhỏ) và quay trở lại Velen và mang Uma đi.

Ở Kaer Morhen, Geralt, Yen, và những người bạn đã gỡ được lời nguyền trên Uma. Hóa ra Uma chính là vị pháp sự người elf bí ẩn, tên là Avallac'h. Avallac'h cũng đến từ thế giới khác và cùng tộc với Eredin và Wild Hunt. Avallac'h nói rằng hiện giờ anh ta đang giữ Ciri trên Đảo Sương Mù ngoài khơi Skellige. Geralt ngay lập tức đi đến Đảo Sương Mù cùng với đốm sáng hương dẫn triệu hồi từ Avallac'h. Tại đây Geralt tìm thấy Ciri trong tình trạng bất động, anh đau khổ ôm chầm lấy Ciri và đốm sáng của Avallac'h đánh thức Ciri dậy trên tay anh. Ciri dịch chuyển tức thời cùng Geralt về Kaer Morhen trước khi Wild Hunt kịp đến. Nhận thấy sớm muộn Wild Hunt cũng sẽ tấn công Kaer Morhen, Geralt và các bạn quyết định đanh một trận sống còn với chúng tại đây. Anh tìm kiếm tất cả mọi sự giúp đỡ từ bạn bè khắp nơi. Tuy đã tính toán rất kỹ nhưng lực lượng Wild Hunt quá áp đảo so với họ khiên phe Geralt thất thế và bị ép lùi sâu vào pháo đài. Trong khi bảo vệ Ciri, Vesemir (người witcher già quản lý pháo đài Kaer Morhen, thầy của Geralt và Ciri) đã hi sinh. Tức giận bộc phát, Ciri đã phóng toàn bộ sức mạnh của mình, đầy lùi Wild Hunt.

Sau trận Kaer Morhen, Geralt quyết định sẽ phải tiêu diệt Wild Hunt một lần và mãi mãi. Nhận thấy sức mạnh ma thuật của phù thủy có thể gây thiệt hại lớn lên Wild Hunt, Yen và Triss quyết định tìm lại các nữ phù thủy thuộc hội Lodge of Sorceresses đang ẩn nấp do chính sách đàn áp tàn bạo của Radovid. Đồng thời, Geralt và Avallac'h đã lôi kéo được một cận vệ của Eredin là Ge'els tiết lộ bí mật về Sunstone hiện đang nằm ở Skellige, vật có thể dụ Eredin và Wild Hunt đến. Hoàng Đế Emhyr cũng hoãn chiến dịch đánh chiếm Skellige lại để tập trung quân lực đối phó với Wild Hunt. Geralt tìm được Sunstone và dụ được Wild Hunt vào bẫy, hai bên giao chiến quyết liệt và Geralt hạ được Eredin. Sau đó Yennefer đến kịp thời cứu Geralt ra khỏi vòng vây của Wild Hunt. Đúng lúc đó những trận động đất và bão tuyết bắt đầu xuất hiện, Geralt và Yennefer phát hiện Avallac'h đã đưa Ciri lên một đỉnh tháp. Geralt và Yen đuổi theo, Yen dùng phép thuật phá được một lỗ hổng trong rào chắn bảo vệ của Avallac'h giúp Geralt đi vào. Ở đây Ciri nói với anh rằng lời tiên đoán về White Frost (một cơn bão tuyết khổng lồ dần nuốt chửng tất cả các thế giới) là sự thật và nó đang đến với thế giới này. Chỉ có dòng máu Elder Blood trong người cô mới chắn được nó, Ciri đã quyết định hi sinh thân mình để bảo về thế giới.

Các kết thúc

Game có vô số các phiên bản tổ hợp kết thúc, hoàn toàn phụ thuộc vào cách người chơi lựa chọn.

Số phận của Ciri, phụ thuộc vào cách Geralt tương tác với Ciri sau trận Kaer Mohen đến cuối game.

• Kết thúc buồn: Ciri có lẽ đã chết trong nỗ lực ngăn chặn White Frost. Geralt tìm giết The Crones cuối cùng để lấy lại sợi dây chuyền của Vesemir - kỉ vật cuối cùng của Ciri. Sau khi tìm được nó, Geralt đau khổ gục xuống. Xung quanh anh lũ quái vật bắt đầu bủa vây và màn hình dần chuyển tối.
• Kết thúc tốt: White Frost được ngăn chặn, Ciri không chết. Nhưng sau đó cô tạm biệt Geralt và trở thành Nữ hoàng của Nilfgaard. Để đạt được điều này ít nhất người chơi cần phải đưa Ciri đến diện kiến Emhyr và đảm bảo Nilfgaard chiến thắng trong cuộc chiến.
• Kết thúc hạnh phúc: White Frost được ngăn chặn, Ciri không chết. Geralt nói dối Emhyr là Ciri đã chết. Anh mua tặng Ciri một thanh kiếm bạc quý và cô theo chân Geralt trở thành một witcheress (nữ witcher). Để đạt được điều này ít nhất người chơi phải lựa chọn không mang Ciri đến diện kiến Emhyr hoặc có nhưng Nilfgaard thua trong cuộc chiến.

Số phận của Geralt.

• Ciri chết: Số phận của Geralt không được nhắc đến.
• Geralt không chọn tình yêu với Triss và Yennefer (hoặc chọn cả hai) và Ciri không chết: Anh sẽ tiếp tục cuộc phiêu lưu trên lưng ngựa với cuộc sống của một witcher.
• Geralt chọn yêu Triss và Ciri không chết: Anh và Triss có một cuộc sống sung túc ở Kovir, nơi mà Triss làm cố vấn cho Vua của vương quốc này. Geralt thi thoảng chỉ đi săn quái vật vì thú vui. Để đạt được điều này Geralt phải giúp Triss sơ tán các phù thủy khỏi Novigrad.
• Geralt chọn yêu Yennefer và Ciri không chết: Anh và Yen có một cuộc sống thầm lặng tránh xa mọi sự kiện bên ngoài. Geralt gần như rửa tay gác kiếm. Để đạt được điều này Geralt phải giúp Yen phá bỏ lời nguyền giữa anh và cô.

Ngoài ra kết cục của cuộc chiến giữa Đế Chế Nilfgaard và Vương Quốc Redania cũng phụ thuộc vào các hành động của người chơi.

• Radovid không bị ám sát (Geralt không cung cấp thông tin cho Djikstra hoặc có nhưng không tham gia ám sát): Redania sẽ chiến thắng cuộc chiến và Radovich thống nhất phần lớn Phương Bắc bao gồm cả Novigrad. Tuy nhiên đó là một nền hòa bình trong biển máu khi Radovid ngày càng mở rộng quy mô cuộc diệt chủng của mình trên toàn lãnh thổ. Emhyr sẽ bị lực lượng chống đối trong nước ám sát.
• Geralt tham gia ám sát Radovid và đứng về phía Djikstra (Vernon Roche chết): Redania sẽ chiến thắng cuộc chiến và Djikstra thống trị phần lớn Phương Bắc. Tuy sự tự do có phần bị kiềm kẹp nhưng sẽ là một Phương Bắc ổn định về kinh tế. Emhyr sẽ bị lực lượng chống đối trong nước ám sát.
• Geralt tham gia ám sát Radovid và đứng về phía Vernon Roche (Djikstra chết): Redania không còn nhân tài chèo lái và Nilfgaard sẽ chiến thắng cuộc chiến, Emhyr tiêu diệt Redania và gần như toàn bộ Phương Bắc (trừ Vương quốc Kovir và Poviss). Emhyr khôi phục Temeria thành một nước độc lập, là phần thưởng cho việc Roche giúp đỡ Nilfgaard xâm chiếm Phương Bắc. Emhyr xây dựng vững chắc ngôi vương và tiêu diệt toàn bộ lực lượng chống đối trong nước.

Kết cục của Skellige:

• Geralt trợ giúp Hjalmar trong vụ điều tra thảm sát: Hjalmar sẽ trở thành vua mới của Skellige. Vào mỗi mùa xuân, vị vua trẻ luôn phát động chiến tranh quấy phá biên giới Nilfgaard dù tổn thất vô cùng nặng nề.
• Geralt trợ giúp Cerys trong vụ điều tra thảm sát: Cerys sẽ trở thành Nữ hoàng của Skellige. Tuy không chấm dứt được hoàn toàn mâu thuẫn giữa các dòng họ, nhưng dưới sự dẫn dắt của vị Nữ vương đầu tiên, Skellige phát triển ổn định và hòa bình.
• Geralt không theo ai: Vụ ám sát không tìm ra được thủ phạm, Svanrige trở thành vua mới của Skellige. Vị vua này đã phát động một cuộc nội chiến; tuy đổ máu nhưng cuối cũng đã thống nhất được các dòng họ ở Skellige lần đầu tiên sau nhiều năm tranh chấp và biến quốc đảo này thành một nền quân chủ chuyên chế theo mô hình của các quốc gia ở Continent.